フィリピンの北東に位置する「アギ島」に住む少年“リュウタロウ”は、幼い頃に両親を亡くし、島の父の友人である靴職人に育てられ、現在では、一端の靴職人として平穏に暮らしていた。ある日、島の近海で沈没事故が発生した次の日の夜、リュウタロウは、海岸に打ち上げれた、ひとりの少女を発見する。その少女は、全裸で、しかも全身が青い炎で包まれていた。とりあえず、彼女を家に連れて帰るリュウタロウ。ほどなく彼女は意識を取り戻すが、“マナン”という名前以外は、何も覚えてないというのだ。詳しい事情がわからないこともあり、島の警察に任せたほうが良いのだろうか、と悩むリュウタロウ。そうしたなか、彼女を探す謎の部隊が島に上陸していた。はたして、彼女はいったい何者なのか? そして、彼女を探す謎の組織とは……?